Rieky Madagaskaru tečú perejami. Všetky hlavné rieky ostrova tečú od východu na západ.
Rieka Betsibuka
Koryto rieky sa nachádza v severozápadných krajinách ostrova. Celková dĺžka prúdu je 525 kilometrov. A toto je jedna z najväčších ostrovných riek. Betsibuka sa vyznačuje výraznou červenohnedou farbou vody. Vysvetlenie tohto javu je veľmi jednoduché - vody rieky obsahujú veľký objem sedimentov, ktoré rieka nesie do mora.
Prameň rieky sa nachádza v strede ostrova (severne od provincie Antananarivo). Rieka pramení na sútoku dvoch riek - Amparihibe a Dzabu. Potom sa Betsibuka vydáva na sever a zachytáva vody rieky Ikupa (neďaleko mesta Maevatanana). Betsibuca sa vlieva do vôd zálivu Bumbetuca (Mozambický prieliv) a pri páde tvorí deltu. Koryto rieky je splavné 130 kilometrov od miesta sútoku.
Červenohnedý odtieň vody v rieke je znakom ekologickej katastrofy. Odlesňovanie povrchu ostrova urýchlilo proces erózie pôdy. Výsledkom je, že celkové množstvo pôdy vyplavenej vodou je neuveriteľne obrovské. A keďže ide väčšinou o červené lateritické pôdy, odtiaľ pochádza aj tieň vody.
Sedimenty nesené riekou vo svojich vodách sa usadzujú na dne ústí Betsibuk. A to je jeden z dôvodov zanesenia dna zálivu Bumbetuka. Z tohto dôvodu bol prístav mesta Mahajanga, ktorý sa tu nachádza, presunutý na vonkajšie pobrežie ostrova, pretože hrozilo pristátie oceánskych lodí na dno.
Rieka Mangoki
Rieka preteká krajinami juhozápadnej časti ostrova. Celková dĺžka prúdu Mangoki je 564 kilometrov. A je to najdlhšia rieka na Madagaskare.
Zdroj sa nachádza v provincii Fianarantsoa (svahy centrálneho hrebeňa). Rieka potom tečie na západ a prechádza územím provincie Tuliara. Miestom sútoku sú vody Mozambického prielivu (pri meste Morombe). Keď do nej vteká, vytvorí veľkú deltu.
Kanál Mangoki prechádza ťažkým terénom. Južná časť delty je bohatá na bariérové ostrovy, plytčiny a naplaveniny. Severná časť delty ponúka množstvo močiarov a mangrovníkov.
Rieka Maninguri
Rieka Maninguri sa nachádza vo východnej časti Madagaskaru a má celkovú dĺžku 260 kilometrov. Prameň rieky je v jazere Alautra. Celková plocha povodia je 12 645 kilometrov štvorcových. Rieka sa vyznačuje turbulentným prúdom. Miestom sútoku sú vody Indického oceánu (neďaleko mesta Ampasina).