História Ufy siaha do piateho storočia. V tom čase sa na území modernej Ufy pravdepodobne nachádzalo stredoveké osídlenie. Medzi najväčšie mestá Zlatej hordy patrí vynikajúci arabský autor štrnásteho storočia Ibn Khaldun ako mesto Bashkort (Bashgird). Historici teraz pri porovnávacej analýze starobylých máp a označení dospeli k záveru, že stojany Ufy sa nachádzajú na mieste vyššie uvedeného starého mesta.
Oficiálny status mesta
V šestnástom storočí sa na území dnešnej Ufy nachádzalo zimné sídlo guvernéra Nogai Hordy Tura Khan. Potom, čo časť Baškortostanu vstúpila do pižmového kráľovstva (1557), sa miestni obyvatelia obrátili na Ivana IV s návrhom postaviť na svojich pozemkoch mesto.
V šestnástom storočí (1574) bola pri rieke Sutoloka postavená pevnosť, teda pevnosť a miesto sa začalo nazývať okres Ufa a Ufa sa stala jeho centrom. Väznica v Ufe bola postavená pod vedením Ivana Nagya. Neskôr z hlavného mesta vyslaný Michail Nagoy bol prvým vojvodom okresu, viedol úradnícku chatu Ufa (pod vedením mal dvesto lukostrelcov).
Po vybudovaní mestských hradieb sa pevnosť stala známou ako Kremeľ. Ako dodatočná ochrana bol okolo neho postavený plot z pevných kmeňov tesne vedených vedľa seba a na dvoch protiľahlých stranách konštrukcie v severnej a južnej časti bola postavená dubová veža.
V osemnástom storočí postihlo mesto roľnícka vojna, povstanie bolo potlačené. Potom sa Ufa spojila s provinciou Kazaň, o niečo neskôr - s provinciou Orenburg. Začiatkom 19. storočia sa miestne úrady zaoberali urbanistickým plánovaním. Architekt V. Geste nakreslil plán rozšírených ulíc mesta. Ulicu Bolshaya Kazanskaya priviedli na budúce námestie Gostiny Dvor a Verkhne-Torgovaya.
Dvadsiate storočie
V júli 1922 bola rozhodnutím Všeruského ústredného výkonného výboru provincia Ufa zrušená. V 20.-30. rokoch minulého storočia sa mesto začalo rýchlo rozvíjať. Hrubá priemyselná produkcia vzrástla 16 -krát. Počas Veľkej vlasteneckej vojny bolo niekoľko desiatok priemyselných podnikov evakuovaných do Ufy. Tu bolo evakuovaných aj niekoľko výskumných ústavov.
V súvislosti s nárastom ťažby ropy po vojne boli v Ufe postavené veľké ropné rafinérie, aktívne sa rozvíjalo strojárstvo a chemický priemysel.
