Vologda sa nachádza na pravom brehu rovnomennej rieky, ktorá je starodávnou vodnou cestou, ktorá spájala toto mesto cez povodia riek Sukhona a Sheksna s Archangelskom.
V historických prameňoch je mesto prvýkrát spomenuté v XII. V 15. storočí vládol Vologde Veliky Novgorod. Od roku 1462 bola Vologda dvadsať rokov strediskom appanage kniežatstva, ale od roku 1481 spadala pod vládu Moskovského kniežatstva, ktorého vládcom bol vtedy Ivan III.
V roku 1565 sa Ivan Hrozný rozhodol zriadiť vo Vologde svoje druhé sídlo oprichniny. Chcel tu postaviť kamenný Kremeľ a pevnosť. Tisíce remeselníkov a roľníkov nahnali do Vologdy a stavbu viedol anglický inžinier H. Locke. V pláne bol Kremeľ obdĺžnik. Na severnej strane bol chránený riekou Vologda a na oboch stranách bola vykopaná vodná priekopa. Ale nájazd krymského Chána v roku 1571 a mor, ktorý začal vo Vologde, prinútil Ivana IV., Aby sa vrátil do Moskvy. Odchodom kráľa stavba prestala.
Vzhľadom na absenciu vážneho opevnenia Vologda v roku 1612 veľmi utrpel inváziu poľsko-litovskej armády. Mesto však bolo rýchlo prestavané a dokonca prekročilo svoju pôvodnú veľkosť. Koncom 17. storočia sa historické centrum Vologdy skladalo zo štyroch častí: City, Verkhniy Posad, Nizhniy Posad a Zarechye. Začiatkom 18. storočia sa však ekonomické postavenie Vologdu v dôsledku založenia Petrohradu a rozvoja obchodu v Baltskom mori o niečo oslabilo.
V roku 1708 bola Vologda začlenená do archanjelskej oblasti. Ale už v roku 1719 sa mesto stalo centrom provincie Vologda a v roku 1796 - centrom provincie Vologda, ktorá existovala až do roku 1929.
V 19. storočí sa mesto stalo miestom politického exilu pre mnohých príslušníkov inteligencie. V roku 1918 hral Vologda na 5 mesiacov úlohu „diplomatického hlavného mesta“Ruska. Po uzavretí Brestskej mierovej zmluvy sa sem dočasne presťahovali veľvyslanectvá a misie 11 veľkých štátov, najmä: USA, Veľkej Británie, Francúzska, Japonska, Číny, Brazílie atď.
Teraz je Vologda obľúbeným turistickým centrom, ktoré navštevujú Rusi aj zahraniční turisti.
