Novgorod je v kronike prvýkrát spomenutý v roku 859 - tento dátum sa považuje za východiskový bod pre vek mesta. V roku 862 v „Príbehu minulých rokov“existuje príbeh o povolaní Varangiánov do Ruska. V Novgorode začal kraľovať najstarší z Varangiánov, ktorý prišiel, Rurik.
Na začiatku 11. storočia sa Novgorod svojou štruktúrou nelíši od ostatných miest Kyjevskej Rusi. V roku 1014 však knieža Jaroslav Múdry odmietol vzdať hold Kyjevu a Novgorod sa v skutočnosti osamostatnil. V Novgorode sa začína výstavba kamenných múrov mesta a kamennej katedrály Sophia.
V druhej polovici 12. storočia získali Novgorodania právo na veche - začali voliť biskupa - najvyššiu cirkevnú autoritu. Do konca 12. storočia dostali Novgorodania právo pozvať kniežatá z akéhokoľvek mesta, aby vládli a uzavreli s nimi dohodu. V roku 1226 nastúpil na novgorodský trón Alexander Yaroslavovič, ktorý bol neskôr pomenovaný ako Nevský.
V XIV storočí sa mesto nazývalo Novgorodská republika a bolo jedným z najväčších a najbohatších regiónov v Európe. Republika zahŕňala územia súčasných oblastí Novgorod, Pskov, Leningrad, Archangelsk a autonómne republiky Komi a Karelia. Do tejto doby patrí aj väčšina objavených listov brezovej kôry. Ale na konci 15. storočia Novgorodania prisahajú vernosť moskovskému kniežaťu Ivanovi III.
V roku 1570 Ivan Hrozný prichádza do Novgorodu, aby upokojil obyvateľov mesta, obvinených z falošného odsúdenia túžby ísť do Litvy. Gardisti niekoľko týždňov rozbíjali a okrádali Novgorod a niekoľko tisíc obyvateľov zahynulo.
Na začiatku 17. storočia, v čase ťažkostí v Rusku, bol Novgorod obsadený Švédmi, počet obyvateľov sa znížil na 800 ľudí. V druhej polovici 17. storočia Novgorod osídlili osadníci z Valdai, Tichvin a ďalších okolitých miest. V 18. storočí, so začiatkom stavby Petrohradu, Novgorod konečne stráca svoj obchodný a ekonomický význam. Koncom 18. storočia sa Novgorod začal prestavovať podľa všeobecného plánu. V roku 1862 bol v meste otvorený pamätník tisícročia Ruska.
Počas Veľkej vlasteneckej vojny bol Novgorod v auguste 1941 obsadený nacistami. 20. januára 1944 ho oslobodili sovietske vojská.
V roku 1959 Novgorod oslávil 1100. výročie.
