Rieky Tadžikistanu sú prietokové a patria hlavne do povodia Aralského mora. A len málo prúdi do vôd jazera Karakul alebo rieky Tarima.
Rieka Amudarja
Kanál Amudarja prechádza územím štyroch krajín naraz - Afganistanu, Tadžikistanu, Uzbekistanu a Turkménska. Celková dĺžka kanála je 2 400 kilometrov. Z toho krajinou prejde 1415 kilometrov. Zdroj Amudarji je tvorený sútokom dvoch riek - Vakhsh a Pyanj. Ústie rieky sú vody Aralského mora (na sútoku tvorí veľkú deltu).
V blízkosti rieky je niekoľko prítokov. Amudarja v priemere prijíma vody Kafirnigan, Surkhandarya a Sherebad, ako aj jeden ľavý prítok - rieku Kunduz. A ďalej až do miesta sútoku už nie sú žiadne prítoky. Vody rieky sa aktívne využívajú, a preto sa Amudarja nedostáva do Aralského mora. Práve to sa stal jedným z dôvodov jeho vysychania.
Vo vodách Amudarji existuje niekoľko rôznych odrôd rýb: asp; plešatý muž; sumec aral; pražma; sabrefish; strieborný kapor; Biely amur; nenávisť.
Rieka Vanj
Jedna z riek, ktorej kanál sa nachádza výlučne na území Tadžikistanu. Je to pravý prítok rieky Pyanj. Celková dĺžka rieky je 103 kilometrov. Zdroj je tvorený sútokom dvoch riek - jedna klesá z ľadovcov Vanchského hrebeňa, druhá z hrebeňa Akadémie vied (západný svah). Kanál prechádza medzi hrebeňmi Vanch a Darvaz.
Rieka Kashkadarya
Územie koryta rieky prechádza územím Tadžikistanu (región Sughd) a Uzbekistanu (región Kashkadarya). Rieka má spravidla tri mená: v hornom toku - Obikhunda; stredný kurz - Shinachasai; nižšie - Maimanakadarya.
Celková dĺžka kanála je 378 kilometrov. Prameň rieky je vo výške 2960 metrov nad morom a tvoria ho dve nemenované rieky. Hlavné prítoky: Akdarya (Aksu); Tanhidizadarya; Guzardarya.
Rieka Muksu
Celková dĺžka kanála je 88 kilometrov. Muksu sa nachádza v džirgátskej oblasti Tadžikistanu. Zdrojom je sútok dvoch riek: Seldara a Sauksoy (ľadovce Fedchenko a Bolshoi Saukdar).
Rieka Kuzylsu
Kyzylsu, čo znamená „červená rieka“, preteká územím Kirgizska a Tadžikistanu. Zdrojom sú svahy pohoria Trans-Alai. Celková dĺžka kanála je 235 kilometrov. Na sútoku s riekou Muksu vzniká rieka Vakhsh.
Rieka Vakhsh
Celková dĺžka riečneho kanála je 786 kilometrov a všetky prechádzajú územím Tadžikistanu. Prameň rieky je na svahoch Pamíru, ale miesto jej sútoku s vodami rieky Pyanj dáva vzniknúť veľkej Amudarji. Rieka je hlavným zdrojom zavlažovania a výroby energie.
