Rieky Estónska sú veľmi malé a spomedzi sedemsto riek v krajine sa len deväť môže pochváliť prekonaním hranice sto kilometrov.
Rieka Piusa
Piusa prechádza územím dvoch štátov - Estónskej republiky a Ruska. Celková dĺžka koryta rieky je deväťdesiattri kilometrov. Rozdelenie je nasledovné: Estónsko vlastní osemdesiat kilometrov Piusa; podiel ruského územia predstavoval necelých trinásť kilometrov. Celková spádová oblasť je 796 kilometrov štvorcových.
Prameň rieky sa nachádza na estónskych pozemkoch vo vodách jazera Alasjärv (obec Villa, ležiaca juhozápadným smerom od obce Vastseliina - dvanásť kilometrov). Ústie rieky je zrkadlom jazera Peipsi, neďaleko dediny Budovizh. Na sútoku sa Piusu delí a vlieva sa do jazera v dvoch vetvách.
Stredný tok rieky - osemnásť kilometrov medzi obcami Vastseliina a Saetamme - prechádza krásnou priehlbinou. Práve ona sa stala miestom, kde bola rezerva organizovaná. Bola založená v roku 1965 a rozprestiera sa na ploche s celkovou rozlohou viac ako deväť kilometrov štvorcových.
Rieka Võhandu
Võhandu je najdlhšia vodná cesta v republike. Jeho celková dĺžka je sto šesťdesiatdva kilometrov. Zdroj Võhandu sa nachádza v blízkosti estónskej osady Saverna. Potom prejde hĺbkou jazera Jiksi a dokončí cestu a spojí sa s vodami Teplého jazera. To sa stáva neďaleko dediny Võõpsu.
Je pozoruhodné, že pred jazerom Vagula obyvatelia túto rieku nazývajú Pyhajõgi, ale po jej výstupe z jej vôd - Voo.
Plavidlá sa plavia pozdĺž rieky po úseku ohraničenom jazerom Peipsi a prístavom, ktorý sa nachádza na území obce Võõpsu. Hlavnými dodávateľmi vody do Võhandu sú početné vodné toky.
Rieka Parnu
Pärnu je estónska rieka s celkovou dĺžkou sto štyridsaťštyri kilometrov. Celková spádová oblasť je takmer sedem kilometrov štvorcových. Zdrojom rieky je miniatúrne jazero pramenitého pôvodu (neďaleko Roosno-Alliku), ale končí cestou Pärnu, vtekajúcou do vôd zálivu Pärnus (časť Rižského zálivu, baltská vodná oblasť).
Rieka je kŕmená zmiešane. A ak sa v horných tokoch podzemné vody stávajú dodávateľmi, potom v dolných tokoch sú dažde. Rieka nie vždy v zime zamrzne. Ak sa to stane, potom sa ľad tvorí asi od druhej dekády decembra a trvá do konca marca.
Rieka je splavná len v blízkosti miesta jej sútoku. Koryto rieky je na jedenástich miestach blokované priehradami.
